La sterilizzazione del filtro, ovvero la rimozione dei microrganismi mediante mezzi fisici come lo screening o l'adsorbimento del materiale del filtro, è un metodo di sterilizzazione comunemente utilizzato. Il metodo di filtrazione è ampiamente utilizzato e alcuni materiali che devono essere sterilizzati non possono essere riscaldati, come molte soluzioni vitaminiche. Oltre ad essere utilizzata nella produzione di bevande e farmaci, l'aria viene spesso sterilizzata mediante filtrazione. Quando di solito facciamo esperimenti di microbiologia, il contenitore sterilizzato viene solitamente tappato con cotone all'uscita, che in realtà sta filtrando per rimuovere i microrganismi nell'aria, in modo che non vi sia contaminazione microbica nell'aria che entra nel contenitore.
