Nell'analisi HPLC, la dimensione delle particelle dell'imballaggio della colonna cromatografica è piccola ed è facile da bloccare da particelle di impurità. Pertanto, campioni e solventi devono essere filtrati in anticipo per rimuovere i contaminanti del particolato e proteggere lo strumento. La cromatografia ionica, che è comunemente usata nell'analisi ambientale, richiede anche che non vengano introdotti inorganchi inorganici nel pretrattamento del campione.