การฉีดโครมาโตกราฟีอัตโนมัติมักใช้ในห้องปฏิบัติการวิเคราะห์เพื่อแนะนำตัวอย่างลงในเครื่องมือโครมาโตกราฟี เช่น ระบบโครมาโตกราฟีของเหลวประสิทธิภาพสูง (HPLC) หรือระบบแก๊สโครมาโตกราฟี (GC) โดยเกี่ยวข้องกับการใช้เครื่องเก็บตัวอย่างอัตโนมัติ ซึ่งเป็นอุปกรณ์ที่ทำให้กระบวนการฉีดตัวอย่างเป็นอัตโนมัติ เพิ่มปริมาณงานของตัวอย่าง ความสามารถในการทำซ้ำที่ดีขึ้น และลดการจัดการด้วยตนเอง ซึ่งช่วยลดความเสี่ยงของข้อผิดพลาดและการปนเปื้อนให้เหลือน้อยที่สุด
