При ВЭЖХ-анализе размер частиц насадки хроматографической колонки мал и легко блокируется загрязняющими частицами. Поэтому образцы и растворители необходимо предварительно фильтровать для удаления твердых частиц и защиты прибора.
Кроме того, хроматография, обычно используемая при анализе окружающей среды, требует, чтобы во время предварительной обработки пробы не попадали неорганические загрязнители.