Стерилизация фильтров, то есть удаление микроорганизмов с помощью физических средств, таких как скрининговая или адсорбция фильтра, является широко используемым методом стерилизации. Метод фильтрации широко используется, и некоторые материалы, которые необходимо стерилизовать, не могут быть нагреты, например, многие витаминные растворы. В дополнение к использованию при производстве напитков и лекарств, воздух часто стерилизуется фильтрацией. Когда мы обычно проводим эксперименты с микробиологией, стерилизованный контейнер обычно подключается к хлопке на выходе, что фактически фильтрации для удаления микроорганизмов в воздухе, так что в воздухе нет микробного загрязнения, входящего в контейнер.