Flacoanele HPLC AutoSampler sunt, în general, clasificate în funcție de diametrul flaconului, a înălțimii flaconului și a finisajului firului. Sticla limpede și sticla de chihlimbar au proprietăți inerte similare. Sticla de chihlimbar este utilizată pentru a proteja probele sensibile de lumina UV. Marcajele pe flacoane furnizează informații de identificare a eșantionului.