Filtre a esterilização, ou seja, a remoção de microorganismos por meios físicos, como triagem ou adsorção de material de filtro, é um método de esterilização comumente usado. O método de filtração é amplamente utilizado e alguns materiais que precisam ser esterilizados não podem ser aquecidos, como muitas soluções de vitaminas. Além de ser usado na produção de bebidas e medicamentos, o ar é frequentemente esterilizado por filtração. Quando geralmente fazemos experimentos de microbiologia, o recipiente esterilizado geralmente é conectado com algodão na tomada, que é realmente filtrando para remover microorganismos no ar, para que não haja contaminação microbiana no ar entrando no recipiente.