Filtrację sterylną stosuje się w wielu zastosowaniach: pożywki zawierające lub niezawierające surowicy, które wspomagają wzrost kultur komórkowych, odczynniki lub roztwory zawierające wrażliwe składniki, które ulegną degradacji podczas przetwarzania w wysokiej temperaturze, a gdy nie ma autoklawu, do sterylnego pożywki hodowlanej należy dodać filtrację. Dodatek Płyn, filtrowanie próbek, aby uniknąć wzrostu drobnoustrojów podczas przechowywania, filtrowanie buforów, usuwanie cząstek stałych i unikanie wzrostu drobnoustrojów podczas przechowywania, filtrowanie próbek biologicznych do analizy, unikanie skażenia mikrobiologicznego drogiego sprzętu, filtrowanie próbek środowiskowych do analizy, filtrowanie cieczy fermentacyjnych, dalsze oczyszczanie lub analiza.