HPLC automātiskās paraugu ņemšanas flakonus parasti iedala kategorijās pēc flakona diametra, flakona augstuma un vītnes apdares. Caurspīdīgajam stiklam un dzintara stiklam ir līdzīgas inertas īpašības. Dzintara stikls tiek izmantots, lai aizsargātu jutīgus paraugus no UV gaismas. Marķējumi uz flakoniem sniedz parauga identifikācijas informāciju.