Sterilizācija ar filtru, tas ir, mikroorganismu noņemšana ar fiziskiem līdzekļiem, piemēram, skrīningu vai filtra materiāla adsorbciju, ir plaši izmantota sterilizācijas metode. Filtrēšanas metode tiek plaši izmantota, un dažus materiālus, kas jāsterilizē, nevar sildīt, piemēram, daudzus vitamīnu šķīdumus. Papildus tam, ka gaiss tiek izmantots dzērienu un narkotiku ražošanā, to bieži sterilizē, filtrējot. Kad mēs parasti veicam mikrobioloģiskos eksperimentus, sterilizētais konteiners parasti tiek aizbāzts ar kokvilnu pie izejas, kas faktiski filtrējas, lai noņemtu gaisā esošos mikroorganismus, lai traukā nonākušajā gaisā nebūtu mikrobu piesārņojuma.