ფილტრის სტერილიზაცია, ანუ მიკროორგანიზმების მოცილება ფიზიკური საშუალებებით, როგორიცაა სკრინინგი ან ფილტრის მასალის ადსორბცია, სტერილიზაციის საყოველთაოდ გამოყენებული მეთოდია. ფილტრაციის მეთოდი ფართოდ გამოიყენება და ზოგიერთი მასალა, რომელიც სტერილიზაციას საჭიროებს, არ შეიძლება გაცხელდეს, მაგალითად, ბევრი ვიტამინის ხსნარი. სასმელებისა და წამლების წარმოებაში გამოყენების გარდა, ჰაერი ხშირად სტერილიზდება ფილტრაციით. როდესაც ჩვეულებრივ მიკრობიოლოგიურ ექსპერიმენტებს ვაკეთებთ, სტერილიზებული კონტეინერი ჩვეულებრივ ბამბით არის ჩაკეტილი გასასვლელში, რომელიც რეალურად ფილტრავს ჰაერში არსებული მიკროორგანიზმების მოსაშორებლად, ისე რომ კონტეინერში შემავალ ჰაერში არ იყოს მიკრობული დაბინძურება.