בקבוקוני מיקרו הם מיכלים קטנים או בקבוקונים המיועדים להכיל נפחים קטנים מאוד של נוזל או דגימות. הם משמשים בדרך כלל במחקר מדעי, אבחון רפואי ותעשיות תרופות, בהן נדרשות מדידות מדויקות ומדויקות של כמויות קטנות של חומרים.
בקבוקוני מיקרו עשויים בדרך כלל מחומרים כמו זכוכית או פלסטיק, בהתאם ליישום הספציפי. הם מתוכננים להיות אטומים ועמידים בפני דליפות כדי למנוע זיהום או אובדן של הדגימה. לבקבוקונים יש לעתים קרובות פתח קטן או מכסה המאפשרים חלוקה או מיצוי מבוקר של הנוזל או הדגימה.