בקבוקון EPA, הידוע גם בשם בקבוקון סוכנות להגנת הסביבה, הוא סוג של בקבוקון מדגם המיועד במיוחד לניתוח סביבתי, במיוחד בהקשר של בדיקת מים ואדמה. ה- EPA קבע סטנדרטים ותקנות מסוימים לבדיקות סביבתיות, ובקבוקוני EPA נועדו לעמוד בדרישות אלה.
בקבוקוני EPA עשויים בדרך כלל מחומרים אינרטיים, כמו זכוכית בורוסיליקט, כדי למזער את האינטראקציות בין המדגם לבקבוקון. הם זמינים בגדלים שונים, בדרך כלל הנעים בין 20 מ"ל ל- 40 מ"ל, כדי להכיל נפחי מדגם שונים.