A szűrő sterilizálás, azaz a mikroorganizmusok eltávolítása fizikai eszközökkel, például szűrés vagy szűrőanyag adszorpcióval, általában alkalmazott sterilizációs módszer. A szűrési módszert széles körben alkalmazzák, és néhány olyan anyagot, amelyet sterilizálni kell, nem melegíthető, például sok vitaminoldat. Amellett, hogy italok és gyógyszerek előállításához használják, a levegőt gyakran szűréssel sterilizálják. Amikor általában mikrobiológiai kísérleteket végezünk, a sterilizált tartályt általában pamutba dugják a kimenetnél, amelyet valójában szűrnek a levegőben lévő mikroorganizmusok eltávolítása érdekében, így a levegőben nincs mikrobiális szennyeződés.