En el análisis de HPLC, el tamaño de partícula del empaque de la columna cromatográfica es pequeño y es fácil ser bloqueado por partículas de impureza. Por lo tanto, las muestras y los solventes deben filtrarse por adelantado para eliminar los contaminantes de partículas y proteger el instrumento. La cromatografía iónica, que se usa comúnmente en el análisis ambiental, también requiere que no se introduzcan contaminantes inorgánicos en el pretratamiento de la muestra.