La esterilización por filtración, es decir, la eliminación de microorganismos por medios físicos como el cribado o la adsorción del material del filtro, es un método de esterilización comúnmente utilizado. El método de filtración se utiliza ampliamente y algunos materiales que deben esterilizarse no se pueden calentar, como muchas soluciones vitamínicas. Además de utilizarse en la producción de bebidas y medicamentos, el aire suele esterilizarse mediante filtración. Cuando solemos hacer experimentos de microbiología, el recipiente esterilizado generalmente se tapa con algodón en la salida, que en realidad filtra para eliminar los microorganismos del aire, de modo que no haya contaminación microbiana en el aire que ingresa al recipiente.